Civil War
A Stamford, les New Warriors affrontent un groupe de super-vilains composé de Cobalt-Man, Nitro, SpeedFreek et Coldheart. Malheureusement, pendant l'affrontement, Nitro détruit des centaines de maisons et tue environ 600 personnes. Speedball, seul survivant des New Warriors est accusé de la mort des 600 habitants de Stamford. Plus tard, le gouvernement américain fait promulguer le "Super-Human Registration Act" (Loi de recensement des super-humains) qui oblige les super-héros à se faire recenser pour travailler pour le gouvernement sous peine d'arrestation.
Maria Hill, directrice du SHIELD, demande à Captain America de créer une équipe à partir de héros recensés pour arrêter ceux qui ne le sont pas. Cap refuse, alors le SHIELD décide de l'appréhender et Captain doit donc fuir. Il crée donc les Secret Avengers, créé de super-héros non recensés donc hors-la-loi. Nick Fury, ancien directeur du SHIELD propose de l'aide à Captain America et les Secret Avengers utilise une base du SHIELD connue de Nick Fury seul. Les super-héros clandestins sont quant à eux arrêtés et emprisonnés dans la Zone Négative.
Le gouvernement propose à Iron-Man de créer une équipe pour appliquer la nouvelle loi. Il crée alors les Mighty Avengers composés de Miss Marvel, Tigra, la Guêpe, Wonder-Man, Pourpoint Jaune et Spider-Man. Tony Stark et Peter Parker révèlent leur identité à la télévision, mais Spider-Man prend conscience de son erreur en apprenant que ses ennemis menacent ses amis et sa famille.
Les Secret Avengers reçoivent un appel au secours depuis une usine chimique. Mais une fois arrivés, ils s'aperçoivent que c'est un piège tendu par les Mighty Avengers. Pendant le combat, Iron-Man blesse Captain America. Puis Thor, censé être mort, débarque et, dans une rage folle, assassine Black Goliath. Jane Richards, choquée, permet aux Secret Avengers de fuir sous les yeux de Reed Richards, soutien d' Iron-Man. On apprend plus tard que Thor n'était qu'un clone contrôlé par Mr Fantastic. Jane Richards et Johnny Storm quittent les Quatres Fantastiques pour rejoindre Captain America. Les pertes des deux camps sont immenses.
Les pro-recensement décident de créer de nouveaux Thunderbolts ( Venom, Lady Deathstrike, Taskmaster, Bullseye, Jester, Jack O' Lantern et Songbird ) qui travaillent pour le gouvernement pour les aider.
Peter Parker doute de son camp qui engage des criminels. De plus, Captain America est son idole. En découvrant la prison de la Zone Négative, il décide de changer de camp. Cependant Iron-Man espionnait Peter et un affrontement se déclenche entre les deux. Mais Spidey s'enfuit de la tour des Vengeurs. Des criminels le suivent et lui tendent une embuscade. Mais le Punisher arrive et les abat d'une balle dans la tête. Pendant ce temps, les Secret Avengers cherchent un moyen de délivrer leurs alliés de la prison 42 dans la Zone Négative. Le Punisher arrive avec Spider-Man blessé dans ses bras. Il veut les aider contre les criminels. Daredevil est arrêté puis envoyé dans la Zone Négative ( C'est en fait Iron-Fist déguisé pour convaincre tout le monde que Murdock n'est pas Daredevil.
Le Punisher entre au Baxter Building et découvre les plans de la prison. Jane Richards tente de rallier Namor à la cause des Secret Avengers.. Le Punisher revient au QG des rebelles. Goldbug et Plunderer, des supervilains, tentent de rejoindre les rangs de Captain America. Mais le Punisher les tue froidement. Captain America, horrifié, expulse le Punisher. Les Secret Avengers s'infiltrent dans la prison 42. Les super-héros de Captain sont confrontés à ceux d' Iron-Man. On découvre aussi les infiltrés de chaque équipe. ( Tigra est en fait du côté d' Iron-Man, Pourpoint Jaune qui est en fait Hulkling transformé est une taupe des Secret Avengers. ) Les prisonniers sont libérés et se joignent aux rebelles.
La Cape téléporte les combattants à New-York. A ce moment-là, Namor et les Atlantes arrivent pour combattre avec les Secret Avengers. Le clone de Thor et le double de Mar-Vell sont aux côtés de Iron-Man. Mr Fantastic sauve sa femme d'une balle tirée par le Taskmaster. Hercule détruit le clone de Thor et la Chose protège les habitants de New-York. Captain America veut en finir avec Iron-Man mais des pompiers et des policiers tentent de le raisonner. Captain America se rend compte des dégâts que la guerre civile a fait. Il décide de se rendre au SHIELD et demande à ses alliés de stopper le combat. Captain America veut combattre le Super-Human Registration Act légalement. Iron-Man peut désormais créer le projet Initiative. Les rebelles sont amnistiés et Cap est arrêté mais lors qu'il se rend au Palais de justice, il est abattu par Sharon Carter, sa petite amie, contrôlée par Crâne Rouge.
